New Bark Town - Położone w południowo – wschodniej części regionu Johto miasteczko przypomina raczej wioskę, niż wielką metropolię. Proste uliczki wykładane „kocimi łbami”, ogrody pełne, pięknie pachnących kwiatów i wrodzona uprzejmość mieszkańców miały jednak swój urok, a New Bark często bywa wypełnione przez turystów.  Większość przybyła tu z tych samych powodów – laboratorium słynnego  profesora Elma – dawnego asystenta profesora Oak'a i badacza pokemonów, który napisał książkę o ich rozmnażaniu, oraz wodną drogę prowadzącą na tereny ligi Indygo – organizacji, która zajmowała się wszystkim co związane z walkami pokemon, na terenie całego regionu.

Cherrygrove City - Cherrygrove leży w południowej części Johto i jest drugim najmniejszym miastem w regionie zaraz po New Bark Town. W miasteczku nie ma nic co mogłoby nas zatrzymać na dłużej, z wyjątkiem niewielkiej chatki stojącej na obrzeżach miasta. Jej właścicielem jest stary marynarz, który handluje mapami. Syn starca jest kolekcjonerem pokemonów i chętnie wymieni się z tobą stworkami. Cherrygrove jest małe, ale pełne żądnych walki trenerów, którzy zmierzają do Violet City.

Violet City - Miasto położone w centrum regionu Johto. Jest to średniej wielkości miejscowość przypominająca miasta starożytnej Japonii. Niewielkie, charakterystyczne budynki i ciągnące się metrami chodniki mają swój nostalgiczny urok. W centralnej części miasta znajduje się sala treningowa, której liderem jest Falkner - trener latających pokemonów. W północnej części miasta znajduje się Kiełkująca Wieża. Zbudowana jako pagoda, budowla jest zamieszkiwana przez mnichów trenujących pokemony. Niektórzy twierdzą, że mistrz wieży ma nadprzyrodzone zdolności.

Azalea Town - Niewielkie miasteczko położone niedaleko Ruin Alfy. Mimo, że Azalea jest małe to można odwiedzić w nim sporo ciekawych miejsc. Jednym z nich jest Zdrój Slowpoke'ów, które są ulubieńcami mieszkańców. Mimo, że prawie każdy w Azalea jest właścicielem Slowpoke'a, to łapanie ich przez innych nie jest zbyt mile widziane. W północno - zachodniej części miasteczka jest dom Kurta - specjalisty w dziedzinie pokeballi. Swoje wyjątkowe kule do łapania stworków, staruszek robi z owoców zwanych apricornami. Jeżeli dostarczysz mu ich dostatecznie dużo to z pewnością wykona dla ciebie twój wymarzony ball. W centralnej części miasta znajduje się sala treningowa, która jest królestwem owadzich pokemonów.

Goldenrod City - Wielka metropolia położona w południowo- zachodniej części Johto, jest największym miastem w regionie. Wysokie, zabierające dech w piersiach wieżowce, ulice wypełnione ludźmi i odgłosy silników są cechami charakterystycznymi tego miejsca. W mieście znajduje się pięć centrów handlowych, które zaspokoją potrzeby nawet najbardziej wymagającego zakupoholika. W mieście możemy znaleźć też sklep rowerowy, kasyno i rozgłośnia radiowa. W centrum miasta stoi stacja kolejowa. W mieście znajduje się też sala treningowa pod wodzą Whitney. Na północ od Goldenrod umiejscowiony jest Park Narodowy, w którym co jakiś czas odbywają się zawody łapania owadów oraz stadion pokeathlonu - pokemonowej olimpiady.

Ecruteak City - Ecruteak jest średniej wielkości miejscowością, przypominającą nieco Violet. Położone w północnym Johto miasto jest stolicą legend i opowieści. Możemy tam zwiedzić tak zwaną "spaloną wieżę". Zgodnie z powiastkami starszyzny miasta, wieżę spalił legendarny Ho-oh, który chciał zniszczyć uwięzione w środku trzy legendarne psy. W centrum miasta znajduje się teatr taneczny kimono. Aktorki są nie tylko świetnymi tancerkami, ale też niesamowitymi trenerkami pokemonów. Oprócz tego w mieście możemy znaleźć też salę treningową Morty'ego - specjalisty od pokemonów duchów.

Olivine City - Dość duże miasto położone w zachodniej części regionu Johto. Niektórzy nazywają Olivine "miastem, w którym możesz usłyszeć melodię morza". Nie dziwnym więc, że to typowa, nadmorska osada. Olivine słynie ze swojego portu i latarni morskiej. W mieście znajduje się też sporo kawiarni i restauracyjek, w którym zmęczeni podróżą trenerzy mogą spokojnie odpocząć. W centrum miasta znajduje się sala treningowa należąca do Jasmine - młodej trenerki stalowych pokemonów. Jasmine jest dość towarzyszka i rzadko przesiaduje w sali. Często można ją spotkać w latarni, bawiącą się ze swoim Ampharosem.

Cianwood City - Położone nieopodal wysp wirów miasteczko nie jest zbyt interesujące. Zbieranina kilku domków, ot co. Jednym z dwóch ciekawszych miejsc jest strefa safari - miejsce, gdzie możemy złapać bardzo rzadkie, lub egzotyczne pokemony. Niestety w strefie safari obowiązuje bardzo surowy regulamin, z którym trzeba się szczegółowo zapoznać. Drugim ciekawym miejscem jest sala treningowa, w której rezyduje Chuck - mistrz sztuk walk wyspecjalizowany w pokemonach walczących. Na skraju miasta znajduje się niewielka chatka, w której mieszka Eusine- tajemniczy podróżnik szukający Suicune'a. Zgodnie z tym co mówią ludzie, Eusine twierdzi, że legendarny pies ukrył się gdzieś za miastem. Niestety jego pedantyczne zapędy nie pozwalają mu na zbyt dokładne poszukiwania. Może sam spróbujesz odnaleźć Suicune'a?

Mahogany Town - Położone w północnej części regionu Johto miasto skrywa w sobie wiele tajemnic. Podobno mieściła się tu kiedyś siedziba organizacji przestępczej o nazwie Team Rocket, która został rozbita przez obecnego czempiona ligi Indygo - Lance'a. Inne pogłoski mówią, że z Teamem Rocket współpracował miejscowy lider - Pryce wyspecjalizowany w lodowych pokemonach. Fakt, że Pryce jest już staruszkiem nie potwierdza prawdziwości tych plotek. Mimo, że lider ma już sporą część życia za sobą to wciąż nie chce zrezygnować z prowadzenia sali. Trzeba wszak przyznać, że w walce jest groźnym przeciwnikiem. Na północ od miasta znajduje się tak zwane Jezioro Gniewu, które jest domem wielu Gyaradosów. Niektórzy twierdzą, że widzieli chodzącego po jeziorze ducha w lodowej masce. Inni twierdzą, że to mit wymyślony, by odstraszać trenerów od gniazda Gyaradosów. Może sam chcesz się przekonać czy duch jest prawdziwy?

Blackhtorn City - Niewielkie górskie miasteczko położone położone w północno - wschodniej części regionu Johto. Blackhtorn jest domem wielu elitarnych trenerów. Urodził się tu i wychował obecny czempion ligi Indygo - Lance. Miejscową liderką jest siostra mistrza - Clair, która tak samo jak brat jest wyspecjalizowana w używaniu pokemonów smoków. Niektórzy twierdzą, że Clair trenuje pewnego pokemona w sekrecie i używa go tylko do walk z tymi  trenerami, którzy są tego godni. W mieście znajduje się też wejście do smoczej jaskini - jedynego miejsca w Johto, gdzie można złapać te rzadkie stworki. Trzeba jednak pamiętać, że dostęp do jaskini mają członkowie klanu smoka  żeby do niego dołączyć trzeba zdać specjalny test, który nie jest zbyt łatwy.

Liga Indygo -  Olbrzymi budynek położony na szczycie Srebrzystego Wzgórza. To właśnie tutaj mieści się siedziba elitarnej czwórki i czempiona Indygo. Co roku odbywają się też tutaj zawody ligi pokemon oraz srebrnej konferencji, na której trenerzy z regionów Johto i Kanto toczą zażarte boje o zaszczyt noszenia tytułu mistrza. Nie myślcie jednak, że tereny Ligi Indygo ograniczają się do jednego budynku. Należy do nich cała sieć jaskiń oraz pobliski las. Nie zdziwcie się więc jeżeli oprócz dzikich stworków, znajdziecie tu też pokemony jakiegoś elitarnego trenera, które wybrały się na przechadzkę. W budynku ligi znajduje się też słynna Hala Sław.